Pode ser aplicado ao solo por meio de irrigação por gotejamento, incorporação ao substrato ou como tratamento de sementes, garantindo o contato com a zona radicular. Também é utilizado em aplicações foliares para prevenir doenças fúngicas em folhas e frutos. O Bacillus subtilis coloniza rapidamente a superfície das raízes e outros tecidos vegetais, formando uma barreira biológica que impede o estabelecimento de patógenos e ativa as defesas naturais da planta.

Recomenda-se a aplicação preventiva ou nos estágios iniciais de desenvolvimento da cultura, mantendo condições de umidade adequadas que promovam a sobrevivência e a multiplicação da bactéria.