Puede aplicarse al suelo mediante riego por goteo, incorporación al sustrato o tratamientos a la semilla, asegurando su contacto con la zona radicular. También se utiliza en aplicaciones foliares para prevenir enfermedades causadas por hongos en hojas y frutos. Bacillus subtilis coloniza rápidamente la superficie de las raíces o tejidos vegetales, formando una barrera biológica que impide la instalación de patógenos y activa las defensas naturales de la planta.
Se recomienda aplicar de manera preventiva o en los primeros estadios del cultivo, manteniendo condiciones de humedad adecuadas que favorezcan la supervivencia y multiplicación de la bacteria.